Como nas versões anteriores de jogos de luta "Naruto", ao progredires em "Naruto Shippuden: Clash of Ninja Revolution III", desbloqueias novas funcionalidades: modos de jogo, personagens, power-ups e itens para comprar na loja do jogo. Um modo disponível na Loja é "Mission Mode", típico no início da maioria dos jogos Naruto. Antes de comprá-lo, deves desbloqueá-lo através de jogo normal.
Joga "Naruto Shippuden: Clash of Ninja Revolution III" no "Story Mode". Este modo leva-te por parte da história inicial do anime "Naruto: Shippuden", incluindo o arco de resgate do Gaara.
Define dificuldade no Nível 2 quando solicitado. Podes escolher nível superior, desde que seja 2 ou mais. O ecrã para ajustar aparece logo após selecionar "Story Mode" no ecrã "Mode Select". Segue as instruções para ajustar.
Completa o "Story Mode" com estas definições para desbloquear Mission Mode na Loja. Após completar, vai ao submenu "Extras" no menu principal. Entra na Loja e compra a Mission List por 20.000 ryo para jogar o Mission Mode.