O modo história em Clash of Ninja Revolution 3 consiste em 17 episódios baseados no arco de resgate de Gaara no anime. A maioria não é muito difícil com um pouco de prática, mas alguns episódios têm dado trabalho. Aqui estão dicas para os episódios que podem causar problemas. Estas instruções referem-se ao Classic Controller do Wii: A é ataque forte, B é ataque fraco e X é jutsu.
Capítulo 3, Episódio 2: Guy vs. Guy
Este episódio é mais um quebra-cabeça que uma luta. Você controla Guy e deve vencer uma imagem espelhada de si mesmo. Quando você ataca, ambos os Guys executam o ataque simultaneamente. A única diferença é que seu Guy tem taxa de ganho de chakra ligeiramente maior.
Coloque os dois Guys próximos e faça um combo B básico. Quando seu Guy tiver chakra cheio e o outro não, use seu ataque X. Finalize com baixo A ou frente A.
Capítulo 3, Episódio 5: Vovó Chiyo vs. Sasori
A chave é ser agressivo com as marionetes mantendo-as próximas a Chiyo para defesa. Como precisa terminar com seu jutsu, provavelmente só tem chakra para uma substituição.
Use muito baixo A para acertar Sasori onde estiver. Combos de botão A têm melhor alcance, mas misture com combos B. Se precisar trazer as marionetes de volta rápido, use pulo A ou B. Mesmo com estas dicas, provavelmente levará pelo menos 10 tentativas.
Capítulo 3, Episódio 7: Naruto vs. Deidara
Esta é a luta mais difícil do modo história. Deidara tem super armadura, o que significa que ataques não o fazem cambalear, mas ele ainda pode ser derrubado, e seus explosivos causam dano extra. Vai levar várias tentativas.
Quando perto de Deidara, use baixo B para derrubar e iniciar combo. Pulo B é bom iniciador de médio alcance. Baixo A é bom teleporte de longo alcance, mas pode ser desviado. Ao atingir 75% de chakra, use seu pulo X, mas Deidara deve estar em médio alcance à sua frente para acertar. Continue com ataques de acerto e fuga até Deidara estar com 25% de vida e você com chakra cheio para seu ataque X. Lembre-se: só tem 60 segundos, então não há tempo para jogar defensivamente.