Naruto: Ultimate Ninja 3 (3º Naruto no PS2) tem 42 personagens. Jutsus como no 2, mas agora pode transformar-se em versão de oponente derrotado. Como Naruto, enfrenta Shukaku na Story Part 2 (Leaf Destruction Arc). Shukaku = vilão + transformação de Gaara (vilão dos jogos anteriores).