Naruto Ultimate Ninja 3 permite jogar no universo do mangá e anime. Muitos personagens são desbloqueados ao completar desafios. Os lendários Hokages, líderes da Vila da Folha, são obtidos completando alguns objetivos diferentes.
Complete o modo Ultimate Contest com qualquer personagem.
Vá à Academia e fale com Udon e Moegi. Eles farão uma série de charadas.
Após passar no desafio, vá ao Restaurante Shushuya e encontre Ebisu.
Responda às charadas de Ebisu. Isso desbloqueia Shodai Hokage e Nidaime Hokage.
Jogue e complete o modo Heroes History para desbloquear Sandaime Hokage (Sarutobi Hiruzen).
Desbloqueie todos os outros personagens do jogo para obter Yondaime Hokage (Namikaze Minato).