Nos jogos anteriores, Boos só morriam com Mario estrela. No "New Super Mario Bros." (DS), podem ser mortos por Mario estrela, Mario com casco ou Mario gigante. O método varia conforme o power-up.
Estrela: Pegue a estrela e corra direto no Boo. Mario estrela é invencível e destrói inimigos ao toque.
Casco: Pegue o casco de tartaruga. Segure "Y" + direcional para correr. Mario entra no casco. Deslizando, pressione "A" para pular no Boo e matá-lo.
Mega Cogumelo: Pegue o mega cogumelo e corra no Boo. Mario gigante destrói tudo no caminho.