Pokémon Lendários são extremamente raros e poderosos. Tipicamente, apenas um de cada pode ser encontrado num jogo; se não capturar, terá que trocar com outro jogador. A quinta geração, começando com Pokémon Black e Pokémon White, introduziu vários novos lendários.
O Trio Tao, também chamado Trio da Energia, contém três Pokémon Lendários: Zekrom, Reshiram e Kyurem. Zekrom é o mascote de Pokémon White; aparece na arte da caixa e só pode ser capturado nele. Reshiram é o mascote de Pokémon Black, na arte da caixa e só disponível nele. Kyurem, o terceiro, pode ser capturado em qualquer versão. Se quiser Zekrom em Black ou Reshiram em White, terá que trocar com outro jogador.
O Trio Mosqueteiro compreende Cobalion, Terrakion e Virizion, três Pokémon baseados nos personagens do romance "Os Três Mosqueteiros" de Alexandre Dumas. Compartilham o tipo secundário Lutador (Fighting) e o movimento exclusivo Sacred Sword (Espada Sagrada). Todos podem ser capturados em ambos Black e White.
O Trio Kami, ou Trio dos Deuses, consiste em Tornadus, Thundurus e Landorus, baseados em três divindades japonesas. Similar ao Trio Tao, um membro, Tornadus, só pode ser capturado em Pokémon Black, outro, Thundurus, só em Pokémon White. O terceiro, Landorus, pode ser capturado em ambos, mas só aparece se tiver Tornadus e Thundurus no grupo. Terá que trocar para obter os indisponíveis na sua versão e Landorus.
Além dos Lendários, a quinta geração introduziu vários Pokémon Míticos. Embora na versão em inglês sejam classificados como Lendários, no original japonês pertencem a categoria diferente. São restritos a eventos oficiais Nintendo e não podem ser obtidos no jogo normal. Míticos da 5ª geração: Victini, Keldeo, Meloetta e Genesect.