"Wario: Master of Disguise" mostra o famoso Wario da Nintendo viajando por masmorras buscando tesouros. Existem oito disfarces obtidos ao vencer certas seções. Cada disfarce tem poderes diferentes para passar seções específicas. Algumas seções são completamente intransponíveis sem certo disfarce, forçando você a voltar para encontrá-lo em outro nível. Saber onde conseguir ajuda a vencer mais facilmente.