Jogos Zelda são conhecidos por masmorras e puzzles. "Phantom Hourglass" segue a tradição no Navio Fantasma. O puzzle das alavancas é difícil pela pista confusa da lápide adjacente. Uma vez decifrado, a ordem fica clara.
Imagine as 5 alavancas numeradas da esquerda para direita (1 a 5):
1ª alavanca: A 2ª da direita (número 4). Puxe primeiro.
2ª alavanca: A 1ª da esquerda (número 1). Puxe.
3ª alavanca: A 5ª da esquerda (número 5). Puxe.
4ª alavanca: A 2ª da esquerda (número 2). Puxe.
5ª alavanca: A do meio (número 3). Puxe para desbloquear a sala com barris.