Quando Pokémon brilham e aparecem roxos durante a batalha, são Shiny. Qualquer Pokémon, incluindo lendários de "Pokémon Emerald" como Kyogre e Groudon, pode ser Shiny. Infelizmente, é extremamente raro: taxa de encontro 1 em 8.192, tornando a captura de Kyogre Shiny muito demorada. Porém, Kyogre só aparece em um lugar após zerar o jogo, então encontrá-lo leva pouco tempo.
Vá a Fortree City após derrotar a Elite Four. Entre no Instituto do Clima no quadrante leste. Vá à parede de fundo, suba as escadas à direita e fale com o cientista. Anote onde ele diz haver chuva forte.
Saia e vá à rota indicada. Ela estará completamente alagada. Use Surf até encontrar um quadrado de água escura com opção de mergulhar — é a Caverna Marinha (Marine Cave), onde Kyogre reside.
Salve imediatamente ao mergulhar na Caverna Marinha. Siga o caminho linear até Kyogre. Aproxime-se para iniciar a batalha.
Observe Kyogre no início da batalha — se brilhar e for roxo durante o combate, é Shiny. Se não, faça soft reset (A, B, L, R, Start, Select simultâneos). Carregue o save e tente novamente. Chance 1/8192, pode repetir muitas vezes.
Enfraqueça o Kyogre Shiny o suficiente para capturar com uma Pokébola. Por ser extremamente raro, recomenda-se usar Master Ball para captura imediata.