Não, o flashcart M3i Zero feito para Nintendo DSi não encaixa no Nintendo 3DS (nem 3DS XL/2DS).
Para rodar homebrew ou backups no 3DS, precisa de flashcart feito pro 3DS (ex.: R4i Gold 3DS Plus, Ace3DS X, Stargate 3DS) em firmware compatível. Hack moderno de 3DS costuma usar custom firmware (CFW) como Luma3DS instalado direto na NAND do sistema, tornando flashcarts desnecessários pra maioria.
Nota legal: Flashcarts ficam em área cinza. Criar/jogar backups de jogos que você tem costuma ser fair use em algumas jurisdições, mas baixar ROMs que não possui é pirataria.