"SpongeBob's Atlantis Squarepantis" segue a história do herói do desenho SpongeBob enquanto ele e seus amigos buscam a cidade submersa de Atlântida. Ao longo do jogo, os jogadores encontram dezenas de monstros aquáticos, incluindo vários chefes. O chefe no final do primeiro nível é uma medusa gigante. O jogador não pode feri-la usando ataques normais, mas deve confiar no ambiente para derrotar o horror tentaculado. Uma vez derrotado a medusa, o jogador descobre sua primeira pista sobre a existência de Atlântida e o jogo começa de verdade.
Evite a medusa. Esta é sua prioridade máxima. Se ela tocar você, você receberá dano. Ela não tem ataque à distância, nem te persegue. Em vez disso, ela flutua pela sala aleatoriamente.
Pule na plataforma mais alta. Você verá três lustres presos ao teto. Você mata a medusa derrubando lustres sobre ela.
Ataque um lustre justamente quando a medusa nadar sob ele. Se cronometrar bem o ataque, o lustre cairá sobre a medusa e tirará um de seus pontos de vida. Você deve acertar a medusa cinco vezes para matá-la.
Pule para o chão e corra para o lado direito da tela. Você encontrará uma alavanca lá. Ataque a alavanca, e todos os lustres reaparecerão. Você pode então voltar a atacar a medusa.