"SpongeBob's Atlantis SquarePantis" para Nintendo DS difere das versões de outros consoles porque você controla Bob Esponja, Patrick e outros personagens em pares. Cada personagem tem habilidades únicas, e você deve descobrir como sua equipe pode usar estas habilidades para superar obstáculos. Por exemplo, deve usar a habilidade de inflar de Bob Esponja para passar Patrick por muros e bordas.