A batalha final contra Ganondorf ocorre em quatro estágios. Primeiro, ele controla Zelda e você deve lutar contra ela na sala do trono no topo do Castelo de Hyrule. Então, Ganondorf assume a forma de um enorme javali chamado Besta Sombria Ganon. Alguns confundem com um cão ou touro, mas ele é um porco gigante, mantendo o cânone da série de que o poder da Triforce o transforma em uma besta suína. Nessa forma, Ganon avança diretamente contra você; para derrotá-lo, deve capturá-lo.
Busque uma posição segura no início enquanto a Besta Sombria Ganon corre pela sala do trono, derrubando pilares.
Fique atento enquanto ele desaparece em um portal. Ele abre vários portais falsos antes de emergir do verdadeiro. O portal correto tem cor roxa, diferente dos falsos.
Posicione-se na frente do portal quando ele emergir e atire uma flecha na cabeça enquanto ele avança para atordoá-lo.
Aproxime-se e ataque a cicatriz em sua barriga com sua espada.
Recue e repita. Cuidado com sua tentativa de mergulho vindo de um portal no ar. Se vir sua sombra escurecer ao seu redor, desvie.
Continue até Ganon mudar de tática. Eventualmente ele começa a esquivar suas flechas desaparecendo em um portal.
Transforme-se em Link Lobo.
Espere Ganon emergir. Posicione-se diretamente na frente do portal, com distância suficiente para reagir à investida. Esta parte imita desafios anteriores onde você lutou com Cabras de Ordon, Rei Bulbin e Gorons.
Mire em Ganon até ele estar prestes a pisotear você.
Pressione o botão de ação no último momento para agarrá-lo. Em vez de Link agarrar diretamente o enorme Ganon, Midna o agarra com seu cabelo.
Continue pressionando o botão de ação rapidamente até Midna derrubar Ganon de lado.
Aproxime-se e ataque a cicatriz na barriga de Ganon com sua espada.
Recue e repita até Ganon sucumbir. Ele emerge dos portais cada vez mais rápido conforme se aproxima da derrota. Após vencer, uma cutscene começa e você deixa o Castelo de Hyrule para o terceiro estágio da luta.