O chefe final Ganondorf é o desafio mais difícil. Se estiver com dificuldade, use este truque: em vez de equipar a espada, tire a vara de pesca. Após balançá-la, Ganondorf ficará inexplicavelmente atordoado. Aproveite para golpeá-lo até acordar. Repita e vença.
Para aumentar desafio, a Nintendo proibiu saves dentro de masmorras. Não pode salvar antes de chefes. Com um glitch simples, contorna isso: dentro de masmorra, use Oocoo (personagem pássaro que encontra lá) para teleportar para fora. Salve o jogo. Mesmo após reiniciar, pode usar Oocoo para teleportar de volta exatamente onde estava.
Já olhou para cima e viu um bando de pássaros voando? A Nintendo não os colocou só para efeito atmosférico. Use seu bumerangue para matá-los um a um. Após limpar o céu, 50 rupees cairão no chão.
Às vezes não fica claro o que fazer para avançar a história. Se travado, vá à adivinha no Castelo Agatha e peça sua sorte. Embora pareça baboseira, é a forma da Nintendo de ajudar — de modo nada útil. Tente ler a sorte dela de trás para frente. Então saberá para onde ir. Às vezes ela até diz como achar um pedaço de coração extra.