O capítulo do Coringa em "Lego Batman" contém cinco episódios. O aspecto mais difícil de cada episódio é a luta contra o chefe no final. Nestes episódios, você enfrentará O Chapeleiro Louco, Arlequina, Espantalho, Traça Assassina e O Coringa. Os níveis são configurados de forma muito linear, o que torna chegar ao final bastante direto. Derrotar cada chefe requer táticas específicas que exigem tentativa e erro.
O Chapeleiro Louco é provavelmente o mais complicado dos cinco vilões. Para começar, soco o Chapeleiro Louco pressionando o botão "B" no Wii Mote até ele recuar para o local inalcançável acima da piscina de toxina verde. Suba a rampa magnética à direita da piscina e mova-se para a passarela para fazê-la cair. Corra pela rampa criada pela passarela caída e faça ambos os personagens pular no interruptor vermelho para abrir a porta sob os pés do Chapeleiro Louco, fazendo-o cair na piscina tóxica. Troque de personagem pressionando o botão "C" no Wii Mote cada vez que ele começar a controlar mentalmente o personagem que você está controlando. Corra até ele com o personagem livre e dê socos pressionando "B". Ataque até ele recuar para um terreno mais alto novamente. Monte as peças Lego à direita da piscina tóxica pressionando e segurando "A" para criar um elevador. Suba no elevador até o topo e faça ambos os personagens pular no botão vermelho no topo para fazer o Chapeleiro Louco cair na piscina tóxica pela última vez.
Arlequina é uma das batalhas de chefe mais fáceis e diretas das cinco. Arlequina requer resistência e paciência. Ela é uma acrobata incrível e correrá mais rápido que você toda vez que você chegar perto o suficiente para um soco. O truque com Arlequina é continuar correndo contra ela sem tentar atacá-la, mas mantê-la em movimento. Eventualmente, Arlequina se cansará e lhe dará a chance de acertar alguns socos. Após alguns golpes, ela recuará para um terreno alto e enviará capangas para lutar no lugar dela. Derrote todos os capangas e ela descerá para lutar. Repita a mesma tática e canse-a novamente. Uma vez cansada, dê o golpe final.
Espantalho é outro chefe bastante direto. Voe o Batwing perto do dispensador de mísseis para equipá-lo com mísseis. Pressione o botão "C" no Wii Mote para mudar para o Batcóptero. Dispare o cabo de reboque do Batcóptero pressionando "B" no Espantalho para mantê-lo parado. Volte para o Batwing pressionando "C" e dispare os mísseis no Espantalho pressionando "B". Repita este processo até derrotar o Espantalho — pegue mísseis, dispare o cabo e dispare os mísseis.
A Traça Assassina é complicada porque socá-la fisicamente não a derrotará. Após alguns socos, a Traça Assassina voa para uma altura inalcançável, fazendo parecer que derrotá-la é impossível. Equipe o traje tecnológico encontrado atrás do portão esquerdo. Procure na sala por peças Lego para as turbinas atualmente inoperantes. Usando as peças, repare a turbina esquerda. Pressione "B" no painel de operação quando as luzes começarem a piscar. Iniciar a turbina causará uma reação em cadeia que derruba a Traça Assassina. Ataque até ela voar de volta para a segurança. Procure mais peças de turbina na sala e use-as para reparar a turbina direita. Uma porta se abrirá à direita. Passe pela porta e puxe a alavanca dentro. A Traça Assassina cairá novamente. Ataque-a mais uma vez para finalizá-la.
O Coringa é definitivamente um dos inimigos mais desafiadores dos cinco. O personagem está escondido com Arlequina em uma plataforma inalcançável ao lado de um grande sino. Monte os blocos Lego à direita da plataforma pressionando e segurando "A" para construir uma bigorna. Pressione "B" para usar o gancho na bigorna e alcançar um grande botão vermelho. Pule no botão e o sino soará, derrubando Arlequina da plataforma. Pule de volta ao nível do chão e empurre a caixa à esquerda da plataforma contra a parede. Suba a parede magnética perto da caixa e pule nela quando atingir altura suficiente. Da caixa você alcança outro botão vermelho, pule nele para tocar o sino e o Coringa cairá da plataforma. O Coringa entrará em um helicóptero e começará a voar pela sala. Monte as peças Lego no centro da sala para criar uma pistola de água. Pressione "B" para atirar com a pistola de água. Mire no Coringa para mandá-lo caindo para sua perdição.