Abra a porta da capela no topo da fortaleza de Ganondorf usando a Chave do Chefe. Quatro segmentos de batalha ocorrem, com transições automáticas durante cenas cinematográficas.
Bata sua espada nas grandes esferas de luz dourada que a princesa marionete lança contra você para defleti-las de volta. Quanto mais perto você estiver, mais rápido elas voltam. Repita mais duas vezes para terminar esta parte.
Atire flechas na forma de lobo de Ganondorf quando ele emergir de portais. Quando cair, golpeie a cicatriz prateada em seu abdômen com a espada. Ao recuar, transforme-se na forma de lobo de Link e pressione o botão "Ação" para derrubá-lo novamente. Continue atacando o estômago.
Persiga Ganondorf a cavalo, evitando obstáculos que ele conjura. Use o recurso Z-targeting para travar nele, permitindo que Zelda atire flechas enquanto você golpeia com a Master Sword. Este segmento é surpreendentemente curto.
Enfrente Ganondorf em duelo de espadas para finalizar. Role, dê mortal para trás e desvie lateralmente para evitar os golpes de sua espada enorme, enquanto o ataca e usa movimentos especiais, especialmente o Back Slice. Use a técnica Ending Blow após ele cair de costas. Finalizar este segmento leva tempo.