Sim. Nintendo atualiza firmware do 3DS frequentemente para bloquear flashcarts (R4, Gateway, Sky3DS, etc.). Cada update fecha o exploit que o cart usa.
Caminho Mais Seguro: Instale Custom Firmware (Luma3DS) via 3ds.hacks.guide. Então rode homebrew, backups, emuladores nativamente — sem flashcart. Suporta todas versões firmware.