Jewel Quest 3 joga como seus dois antecessores. Deve limpar joias dos tabuleiros e tornar todos quadrados dourados combinando três joias conforme caem. Cada região do mundo tem múltiplas missões com peculiaridades e desafios. Existem pequenos truques para resolver puzzles em cada região.
Cada região tem Missões Prata. Após completar todas em uma região, deve voltar para Missões Ouro. Porém, Missões Ouro não desbloqueiam até completar Missão Oculta da região. Pode completar Oculta a qualquer momento se localizá-la, e voltar à região após Pratas para fazer Oculta. Caminho simples: complete todas Pratas, volte e ache região com "Missão Oculta". Ao entrar e ler diário de qualquer local, diário dará instruções da Oculta no canto inferior direito. Localize e complete Oculta em cada área e então encare Missões Ouro.
Na primeira região (América Central), comece de baixo para cima, pois consegue mais reações em cadeia de joias caindo do topo. Com gelo e blocos de aquecimento na Islândia, lembre: só precisa alinhar bloco de gelo com bloco de aquecimento para derreter — não precisa combinar joia no mesmo lance. Na América do Sul, compete para fazer mais combinações; ache lance que dê múltiplas combinações via cadeia. Na Europa, compete para tornar todos espaços dourados primeiro; trabalhe de baixo onde espaços ainda marrons acima. Na África, ganha lances especiais combinando Moedas Leão Dourado; faça combinações perto do topo para ajudar moedas caírem. Em Oceania, divida tabuleiro ao meio e tente conseguir metade das Moedas Leão Prata necessárias em uma metade. Na China, evite combinar três Macacos ou tornarão quadrados dourados cinzas. No Pacífico Norte, foque em combinar pérolas acima de tudo — tornam quadrados dourados marrons se caírem do tabuleiro.