"The Bourne Conspiracy" para PlayStation 3 oferece quantidade limitada de opções de trapaça que alteram a jogabilidade geral. Estes truques concedem acesso a diferentes armas e abrem recursos bônus para tornar você mais versátil.
Na tela de menu principal de "The Bourne Conspiracy" para PS3, acesse a opção "Cheats" (Truques). Uma vez ativada, digite a frase "ALWAYSANOBJECTIVE" sem espaços. Se digitado corretamente, as espingardas no jogo mudarão de versões de assalto para automáticas. Se você zerar o jogo, espingardas automáticas também ficam disponíveis. Porém, apenas inserir a frase no início elimina a necessidade de zerar para ter espingardas automáticas.
Na tela de menu principal, acesse novamente "Cheats" e digite "WHATTHEYMAKEYOUGIVE". Se correto, todas as metralhadoras serão silenciadas, não fazendo tanto barulho quanto as normais. Este truque altera levemente a jogabilidade, mas não torna o jogo menos difícil. Como na espingarda, zerar a campanha single player desbloqueia a metralhadora silenciosa.
Após zerar "The Bourne Conspiracy", você desbloqueia arte conceitual do jogo. Esta arte retrata personagens, locais e fases. Porém, se acessar "Cheats" e digitar "LASTCHANCEMARIE", desbloqueará arte conceitual adicional que não veria, independentemente de ter zerado ou não. Também pode desbloquear nova música — ou faixa bônus — digitando "JASONBOURNEISDEAD" na tela de "Cheats". Estes dois truques não alteram a dificuldade.
Durante o jogo, você encontrará lutas contra chefes; inimigos mais difíceis que os capangas comuns. Um chefe é Castle, que usa faca para tentar matá-lo em um apartamento. Se possível, guie a luta para uma mesa próxima e execute um movimento de derrubada. Isso requer barras de adrenalina. Se feito corretamente, você pegará uma caneta esferográfica e a enfiará na mão de Castle, fazendo-o soltar a faca. Sem a faca, Castle é muito mais fácil. Se morrer muitas vezes numa fase, terá opção de diminuir a dificuldade sem reiniciar o jogo todo.