"Xenosaga: Der Wille Zur Macht", RPG de PlayStation 2, tem seis protagonistas principais que se juntam durante o jogo. A história segue principalmente Shion, uma jovem engenheira responsável pelo androide poderoso KOS-MOS. Ela é pega em uma guerra entre humanos e os Gnosis, criaturas misteriosas e assassinas que não podem ser derrotadas com armas convencionais.
Funcionária da Vector Industries, Shion é co-criadora do androide KOS-MOS. Suas tarefas incluem desenvolvimento das habilidades de KOS-MOS. Shion usa braço robótico em batalha e tem grande variedade de habilidades de suporte "Éter", que curam HP, melhoram stats de aliados e removem efeitos negativos. Também pode aprender a invocar o poderoso Erde Kaiser seguindo certa sidequest, que derrota rapidamente todos inimigos, incluindo o chefe final.
Projetada como arma anti-Gnosis, KOS-MOS é um androide de combate feminino que lembra humana. Desperta quando a nave onde ela e Shion estão é atacada pelos Gnosis. Tem múltiplas armas contra Gnosis, incluindo gerador do "Efeito Hilbert", que torna todos Gnosis vulneráveis a armas convencionais. O corpo de KOS-MOS é sua arma, com muitas habilidades técnicas e finalizadores que causam dano.
Um garoto misterioso, chaos (com "c" minúsculo), aparenta 16 anos, mas é surpreendentemente maduro. Não fala muito sobre si. Aparece pela primeira vez na nave do Capitão Matthews, que resgata Shion e KOS-MOS flutuando nos destroços. Em batalha, chaos tem baixo poder de ataque, mas muitas habilidades Éter de dano e algumas de cura.
Cyborg de combate com passado trágico, Ziggy foi designado para recuperar e proteger o protótipo da Realian 100-series MOMO. Cria laço rápido com a humana artificial e torna-se protetor. Como KOS-MOS, Ziggy é lutador físico, ocasionalmente causando dano de fogo e raio com seus techs. Também tem algumas habilidades Éter ofensivas.
MOMO é uma Realian, humana sintética. Protótipo da Unidade Observacional 100-series, ela e irmãs foram projetadas para combater Gnosis. Após resgate por Ziggy de grupo que queria suas habilidades, são puxados para a nave do Capitão Matthews. Techs de MOMO causam dano éter em vez de físico. Também tem Éteres de cura e transforma-se em formas diferentes em combate.
Jr. é o protagonista final de "Xenosaga". Está no conselho da Fundação Kukai, organização independente da ONU ou Federação Galáctica. É chamado "Little Master" pelo Capitão Matthews, como funcionário da Fundação. Em combate, Jr. usa duas pistolas e tem ataques Éter especiais que causam dano e efeitos de status.