Você pode desbloquear uma variedade de armas bônus retornando a masmorras já completadas e lutando contra o chefe que espera lá. Derrote o chefe no Laboratório Secreto para desbloquear a arma bônus de Naoto. Derrote o chefe no Castelo de Yukiko para desbloquear a arma secreta de Yukiko. Para a arma secreta de Kanji, derrote o chefe na Casa de Banho a Vapor. Derrote o chefe na Ópera para desbloquear a arma bônus de Kuma.
Complete o jogo inteiro e você desbloqueará "New Game+"; esta opção permite jogar novamente com recursos adicionais. Um destes é um novo modo de Fusão. Use este modo para desbloquear Izanagi-no-Okami, um dos melhores personagens de Shin Megami Tensei: Persona 4.
Espere a Previsão de Fusão (Fusion Forecast) estar em Mudança de Habilidade (Skill Change) e acesse o modo Fusão para fundir uma persona; este processo desbloqueia duas novas habilidades. Julgamento de Deus (God's Judgment) torna seus ataques mais poderosos, tirando meio ponto de vida extra dos inimigos, mas só funciona se você lutar durante o dia. Julgamento do Inferno (Hell's Judgment) tem o mesmo efeito, mas só funciona à noite.
A única forma de obter as melhores armas que Shin Megami Tensei: Persona 4 oferece é lutar contra a Morte (The Grim Reaper). O Ceifador pode ser enfrentado em vários pontos do jogo, mas apenas jogando no modo "New Game+". Baús de tesouro são esconderijos comuns da Morte, então tente abri-los. Se for perguntado "Abrir" ou "Ignorar" o baú, significa que ele está definitivamente lá dentro. Derrote-o e ele dropará uma das Armas Supremas do jogo. Você sempre encontra o Ceifador no baú em Magatsu Inaba, jogando "New Game+".