"Scooby-Doo and the Cyber Chase" permite jogar como Salsicha e Scooby enquanto tentam derrotar o malvado Vírus Fantasma (Phantom Virus). Você terá que passar por sete áreas distintas antes de finalmente confrontar o Vírus Fantasma para uma batalha final. Ele passará por algumas transformações em seus esforços para acabar com Scooby, mas desde que seus ataques sejam evitados, é relativamente simples jogar tortas no Vírus Fantasma quando solicitado para terminá-lo.
Passo 1: Jogue até chegar à luta final contra o chefe Vírus Fantasma. Ele se move pela sala em um padrão de oito. Quando ele para e gira, isso significa um ataque de carga iminente, então pule para fora do caminho para evitar.
Passo 2: Evite cinco ataques de carga e o Vírus Fantasma para para rir. Um botão "CHANCE" piscando aparece na parte inferior da tela — indicando que agora é um bom momento para atacá-lo. Pressione "Quadrado" para jogar uma torta nele. Ele então muda para um ataque de raio, então corra pelas bordas da sala para evitar os raios. O Vírus Fantasma então se divide em três versões de si mesmo.
Passo 3: Evite as cargas das três versões diferentes do Vírus Fantasma. Pressione "Quadrado" para jogar uma torta em qualquer uma das três versões, quando vir a mensagem "CHANCE" piscando. O Vírus Fantasma forma uma versão grande de si mesmo, após você acertá-lo com uma torta.
Passo 4: Desvie dos cinco ataques da versão maior do Vírus Fantasma. Ele avança contra você e soca com a mão direita, então pule para o lado esquerdo dele para evitar os cinco ataques. Pressione "Quadrado" para acertá-lo com uma torta quando a mensagem "CHANCE" piscar novamente, para derrotá-lo e terminar o jogo.
Fase 1: Desvie 5 cargas (padrão 8) → Jogue torta (Quadrado). Fase 2: Desvie raios (bordas) → 3 clones → Jogue torta em qualquer um. Fase 3: Forma gigante → Desvie 5 socos (pule à esquerda) → Torta final = Vitória.