Mega Man X4 continua a série "X", permitindo jogar como Mega Man ou Zero para derrotar os Reploids. Como nos jogos anteriores, é possível obter upgrades e power-ups. Em Mega Man X4, é possível obter habilidades muito poderosas, como o "Nova Strike" do Mega Man, digitando um código na tela de seleção de personagem e alcançando um local especial.
Na tela de seleção de personagem, pressione o botão Círculo duas vezes, o direcional esquerdo seis vezes, e então segure "L1" e "R2" enquanto pressiona "Start". Continue segurando "L1" e "R2" até o jogo começar. Isso desbloqueia uma armadura especial para Mega Man, necessária para o "Nova Strike".
Jogue as duas primeiras fases e entre na fase "Jungle" (Selva).
Continue até a segunda cachoeira. Deslize pela lateral direita até poder continuar movendo para a direita.
Siga este caminho secreto até ver uma cápsula. Entre nela para ativar o poderoso "Nova Strike" do Mega Man, que manterá pelo resto do jogo.