"Persona 3 Portable" narra a jornada do protagonista explorando a misteriosa torre Tartarus. Tartarus contém seis "blocos" a explorar antes da lua cheia do mês. No início, o primeiro bloco Thebel vai do 2º ao 16º andar. Para passar do andar 16, progrida por Thebel antes de voltar à vida diária para avançar a história.
Progrida do 2º ao 5º andar, aproximando-se do trio de Venus Eagles guardando o andar. Verifique seu status antes. Pressione "Triângulo" para abrir o menu e escolha opções. "Skills" permite usar habilidades de cura fora de batalha, essencial antes de chefes. Troque Personas escolhendo "Persona" e selecionando sua divindade. Avance para batalhar contra as Venus Eagles.
Escolha "Attack" ou "Skill" para atacar com golpes físicos ou mágicos. Use "L" ou "R" para escolher alvo. O ataque "Pierce" de Yukari enfraquece as Eagles, permitindo ataques múltiplos. Derrote-as para ativar "All Out Attack", ataque especial onde todos danificam o inimigo. Continue até caírem e prossiga.
Avance ao 10º andar onde Dancing Hands aguardam. Prepare-se no menu e inicie batalha. Selecione "Skills" para "Rakunda" ou "Tarunda", que reduzem defesa ou ataque do inimigo. Repita ações da batalha anterior. Faça All Out Attacks quando caírem; continue até vencer. Suba a escada para os próximos andares.
Progrida ao 14º andar e enfrente o Rampage Drive. Use habilidades mágicas elementais devido à resistência a ataques físicos; reduza ataque e defesa com Tarunda e Rakunda. Faça All Out Attacks se necessário e continue atacando. Avance pelo 15º ao 16º andar; pegue o "Old Document" perto do portão que bloqueia o próximo bloco. Volte ao andar inferior de Tartarus pelo portal à esquerda. Saia de Tartarus para progredir na história, desbloqueando o próximo bloco.