Não, cartões de jogo R4 não são compatíveis com o Nintendo 3DS. Cartões R4 foram feitos para o Nintendo DS e DS Lite originais; usam tecnologia diferente e não são reconhecidos pelo hardware do 3DS.
Para jogar jogos de DS no 3DS, use o Modo DSi integrado do sistema, que permite acessar a biblioteca do DS. Para jogos de 3DS, compre via Nintendo eShop ou varejistas físicos.