"Yu-Gi-Oh! Dark Duel Stories" é um jogo baseado em estratégia para Game Boy Color inspirado no jogo de cartas colecionável de mesmo nome. Em "Yu-Gi-Oh!", você joga como um invocador com legiões de monstros e uma quantidade quase ilimitada de feitiços e armadilhas para derrotar seus oponentes. "Duel Stories" apresenta 50 monstros de Fusão que você pode invocar para o seu lado, após atender critérios específicos de jogabilidade.
Monstros de Fusão requerem dois ou mais monstros específicos em jogo sob seu controle ao mesmo tempo, ponto em que você pode usar a carta "Material de Fusão" para fundi-los em um monstro mais forte. Por exemplo, você pode invocar o "Dragão de Fogo da Terra Negra" depois de ter tanto "Fantasma Desgraçado" quanto "Pergaminho do Dragão Yamatano" em jogo.
No início do jogo, você tem acesso a menos cartas que vencem o jogo. Conforme derrota oponentes, desbloqueia novas cartas mais poderosas para adicionar ao seu deck. Monstros de Fusão preenchem a lacuna entre os estágios inicial e posterior do jogo, dando acesso a monstros mais fortes à custa dos mais fracos. Embora individualmente as cartas "Mago do Tempo" e "Dragão Bebê" sejam ofensivamente fracas e não forneçam defesa forte, juntas fundem no "Dragão Milenar", que ostenta 2.400 pontos de ataque e 2.000 pontos de defesa.
Alguns monstros de Fusão podem ser invocados usando múltiplos conjuntos de combinações de cartas. Você invoca o "Dragão da Selva" fundindo "Dragão Petit" e "Flor Arco-íris"; "Seadra Espinhoso" e "Flor do Abismo"; ou os cards "Espinhos do Mundo Sombrio" e "Dragão de Fogo Sombrio". Você invoca a "Rainha da Folha de Outono" fundindo "Sereia Encantadora" com "Flor do Abismo" ou "Rei da Floresta Verde".
Assim como monstros individuais, monstros de Fusão podem ser classificados em subtipos. Por exemplo, você pode utilizar subtipos "Guerreiro", "Dragão" e "Demônio" ao jogar com um deck temático, o que proporciona oportunidade para ataques sinérgicos contra seu oponente. Decks temáticos de dragão usam criaturas e feitiços que dão bônus a criaturas dragão, enquanto um deck temático de guerreiro emprega cartas de suporte para tornar seus guerreiros mais eficazes em batalha.