A maioria dos Pokémon é igual nas duas versões, mas cada uma tem exclusivos. Gold: Arcanine, Ariados, Gligar, Growlithe, Mankey, Mantine, Primeape, Sandshrew, Sandslash, Spinarak, Teddiursa, Ursaring. Silver: Arbok, Delibird, Donphan, Ekans, Meowth, Ninetales, Ledian, Ledyba, Persian, Phanpy, Skarmory, Vulpix.
Pokémon exclusivos podem ser obtidos via troca com outro jogador (precisa de dois consoles se tiver ambos os jogos). Muitos Pokémon, inclusive exclusivos, têm descrições diferentes na Pokédex dependendo da versão. Ler em ambas ensina novos fatos.
Mesmo Pokémon disponíveis em ambos podem aparecer em lugares distintos. Ex.: Butterfree na Route 2 em Gold, mas no Bug Catching Contest do National Park em Silver. Beedrill é o oposto: Route 2 em Silver, Contest em Gold.
Pokémon trocados podem parecer diferentes na outra versão. Gold e Silver têm sprites animados distintos para todos os Pokémon. A diferença é apenas visual, sem efeito na jogabilidade.
Lugia e Ho-oh podem ser capturados em ambos. Em Silver: Lugia nível 40, Ho-oh nível 70. Em Gold: Lugia nível 70, Ho-oh nível 40. Ho-oh é Fogo/Voador, Lugia é Psíquico/Voador. O capturado em nível mais baixo exigirá mais treinamento.