Abra o diretório do M.U.G.E.N no local onde instalou (pasta padrão: mugen).
Entre na pasta work. Abra a pasta do personagem que quer editar. Ex.: para o personagem padrão Kung Fu Man, abra a pasta kfm.
Abra seu editor de imagens (precisa suportar PNG).
Abra a primeira imagem da pasta do personagem no editor.
Altere a imagem usando as ferramentas do editor. Salve sobrescrevendo o arquivo original.
Continue editando todas as imagens na pasta work do personagem. Pode haver centenas de frames; o processo leva tempo.
Execute o M.U.G.E.N. Escolha seu personagem. Ele terá a aparência atualizada.