Em "Pokemon XD: Gale of Darkness", um grupo criminoso chamado Cipher rouba Pokémon e fecha seus corações, transformando-os em Shadow Pokémon. O líder do Cipher, Greevil, comanda o mais forte: Shadow Lugia. Treinadores normalmente não podem capturar Pokémon de outros, mas um dispositivo chamado Snag Machine permite capturar qualquer Shadow Pokémon, inclusive Lugia. Se tiver a Master Ball, combine seu poder com a Snag Machine para capturar Lugia instantaneamente.
Vá à Ilha Citadark assim que a área abrir. Após chegar, saia e vá ao Laboratório Pokémon HQ. Fale com o Professor Krane no laboratório para ganhar a Master Ball. Você só ganha uma, então não use até achar o Shadow Lugia.
Volte à Ilha Citadark. Atravesse as cavernas e lute contra treinadores que te atacarem. Alguns têm Shadow Pokémon como Dugtrio, Electabuzz e Mr. Mime. Capture esses Shadow Pokémon se quiser.
Avance até um homem chamado Eldes te confrontar. Capture o Salamence dele e derrote o time. Use a máquina de cura próxima para curar seu time. Use o PC para remover um Pokémon do time. Você precisa de um slot vazio para capturar o Shadow Lugia.
Entre no próximo quarto para confrontar o Grão-Mestre Greevil. Greevil manda seu Shadow Lugia te atacar.
Jogue a Master Ball no Shadow Lugia para capturá-lo imediatamente. Se já usou a Master Ball, use ataques normais para enfraquecer Lugia. Use ataque que durma ou paralise. Jogue Ultra Balls quando a barra de vida ficar vermelha. Geralmente leva várias tentativas.