Em "Pokémon XD: Gale of Darkness", você ouve seu inimigo sussurrar sobre XD001, um Pokémon experimental muito poderoso também conhecido como Shadow Lugia. Seus inimigos, Equipe Cipher, capturam Pokémon e selam seus corações para criar Shadow Pokémon. Você purifica a maioria dos Shadow Pokémon normais de várias formas, mas a Equipe Cipher diz que não há como purificar Shadow Lugia. Apesar da alegação, você pode purificar Shadow Lugia usando o centro de purificação do Professor Kane.
Você encontra Shadow Lugia perto do fim do jogo na Ilha Citadark. O líder da Equipe Cipher, responsável por corromper Pokémon, invoca Shadow Lugia para tentar te destruir. O homem, Grão-Mestre Greevil, chama Shadow Lugia de Pokémon mais poderoso já criado. Acabe com os planos de Greevil e capture Shadow Lugia com a Master Ball dada pelo Professor Kane. A Master Ball sempre captura Shadow Lugia sem falha. Se já usou em outro Pokémon, ataque Shadow Lugia até a barra de vida ficar vermelha e jogue Snag Balls para capturar.
Shadow Pokémon normais se purificam sozinhos se você mantê-los no time, lutar com eles ou dar massagens de colônia. Como Greevil disse, ele projetou Lugia para não purificar por meios normais. O Professor Kane construiu uma câmara de purificação no laboratório, que acelera o processo. Usá-la é a única forma de purificar Shadow Lugia. O centro contém nove conjuntos diferentes para purificar Shadow Pokémon, cada um comporta cinco Pokémon. Quatro Pokémon purificados ficam nos círculos externos. Um Shadow Pokémon fica no meio. A velocidade de purificação depende do fluxo dos Pokémon ao redor.
Se configurar os Pokémon corretamente, atinge fluxo máximo. Para fluxo total, preencha um conjunto com Pokémon fracos aos golpes uns dos outros. Ex: no primeiro círculo, coloque um Pokémon de Fogo. Fogo é fraco contra Água, então coloque Água no próximo círculo. Siga isso para preencher cada câmara. O fluxo dita a velocidade que o Shadow Pokémon purifica.
Com a câmara totalmente preenchida com Pokémon purificados e fluxo máximo em cada, você está pronto para purificar Shadow Lugia. Shadow Pokémon normalmente purificam gradualmente, mas Shadow Lugia purifica instantaneamente desde que o fluxo seja perfeito. Ao ir à câmara, coloque Shadow Lugia no centro de qualquer conjunto. Ao fazer isso, a loucura de Shadow Lugia desaparece e ele recupera todas habilidades e golpes normais.