A organização Cipher usou Shadow Pokémon em "Pokémon Colosseum". Em Pokémon XD: Gale of Darkness, a história continua. Você deve capturar todos os Pokémon para completar a Pokédex. Às vezes, um Shadow Pokémon escapa na batalha. Existem três formas de recapturá-los.
Após recusar entrar para a Cipher, Miror B. ataca com três Lombre e um Shadow Voltorb. Derrote-o para obter o Miror Radar. Depois, Miror B. aparece aleatoriamente com Shadow Pokémon diferentes. Use o radar para rastreá-lo e capturar os que faltam. Esta é a principal forma de recuperar Shadow Pokémon perdidos.
Agentes da Cipher infiltraram a cidade para substituir líderes. As pistas levam ao Pre Gym. Seis Justys saem um após outro. Rastreie-os e confronte-os; na verdade são os Hexagon Brothers do Cipher Lab. Batalhe novamente e capture quaisquer Shadow Pokémon que perdeu da primeira vez.
No Coliseu Pyrite, você ganha prêmios, dinheiro e MTs em batalhas. Miror B. é um dos treinadores aleatórios que o desafiam. Participe de torneios periodicamente para batalhar e recuperar Pokémon perdidos.
Dica: Mantenha uma equipe balanceada com Pokémon normais e Shadow para facilitar as batalhas.