Shadow Lugia é a versão sombria e má do lendário original Lugia. Esta versão só existe no jogo Pokémon XD: Gale of Darkness para GameCube e não pode ser trocada para nenhuma versão Pokémon em forma "shadow".
No Gale of Darkness, Shadow Lugia foi usado pela organização corrupta Cipher num plano de dominação mundial. Como treinador, você frustra os planos da Cipher, permitindo capturar Shadow Lugia. Só após ser "purificado" pode ser trocado para Pokémon Crystal.
Capture Shadow Lugia no Pokémon XD: Gale of Darkness. Após derrotar líderes da Cipher na Citadark Isle, poderá capturar Shadow Lugia. Master Ball recomendada.
Vá ao laboratório com a Câmara de Purificação (Purification Chamber). Onde Shadow Lugia pode ser purificado.
Acesse seu PC e posicione seus Pokémon ao redor da câmara. Certifique-se que todas as câmaras estão no tempo (tempo) máximo.
Coloque Shadow Lugia numa câmara. Se estiverem no tempo máximo, purificará automaticamente.
Troque o Lugia purificado para Pokémon Crystal (GBA). Use o cabo de conexão GBA.