A Nintendo tem histórico de jogabilidade inovadora, atribuível a jogos criativos e controles bem desenhados. O Nintendo 64 saiu em 1996 e um dos principais pontos de discussão no lançamento foi seu controle. A 5ª geração de consoles foi a primeira com jogos predominantemente 3D, então o controle do N64 foi desenhado para tornar essa nova forma de jogar divertida e intuitiva.
Uma das especificações mais marcantes é seu formato. Melhor descrito como formato "M", o controle tem 3 pegadas (grips) e foi desenhado para ser segurado em várias posições. O D-Pad familiar fica na pegada esquerda; o analógico na pegada central; botões de ação na pegada direita. Também tem botão gatilho (trigger) e porta de expansão atrás para acessórios. Há botões "L" e "R" nos cantos superiores.
Gamers conhecem o D-pad tradicional: 4 botões direcionais (esquerda, direita, cima, baixo). Porém, o analógico (joystick analógico) era novidade para acomodar a nova jogabilidade 3D da maioria dos jogos de N64. O analógico dá maior mobilidade em ambientes 3D. Sua posição também é fator de sucesso. Jogadores podem segurar na pegada esquerda ou central; de qualquer forma, o analógico está ao alcance para experiência confortável.
O controle do N64 tem variedade de botões de ação. "Start" fica no centro; "A" azul e "B" verde na lateral direita. Usados para ações como pular, acelerar, correr. Há também botão "Z" — às vezes chamado "gatilho" (trigger) — na traseira abaixo da porta de expansão. Este botão serve como gatilho em muitos jogos de tiro.
Outra novidade do controle N64 foram os C-buttons — 4 botões circulares amarelos. Ficam acima dos botões "A" e "B" dispostos similar ao D-pad. Originalmente desenhados para controlar câmera in-game de "Super Mario 64" para o jogador olhar na direção necessária. Jogos posteriores como "The Legend of Zelda: Ocarina of Time" evoluíram o uso, permitindo atribuir itens para acesso fácil durante o jogo.
A porta de expansão foi outra inovação. Originalmente para acomodar o Memory Pak (cartão de memória) para salvar jogos quando cartuchos não tinham memória interna suficiente. Também acomoda o "Rumble Pak", que faz o controle vibrar em colisões no jogo. Este recurso aprimorou a experiência e virou padrão em todo controle de console maior.