Alex Mercer é protagonista do jogo de mundo aberto em terceira pessoa Prototype. Jogadores modificam aparência e habilidades dele durante o jogo. Ambos tipos de modificação são essenciais e ajudam Alex a sair de situações difíceis. Alex rouba identidades e modifica aparência para parecer com elas. Esse disfarce ajuda a passar por áreas sem desafios. A maioria das ações rende pontos de evolução, moeda usada para comprar habilidades no menu de pausa.