No Yu-Gi-Oh! GX: Spirit Caller (DS, 2007), você é aluno da Duel Academy. Crie avatar e duela com Jaden Yuki, Zane Truesdale. A batalha final ocorre no arco do torneio escolar. Vencer completa a história principal.
Último capítulo. Após vencer Aster Phoenix no Dormitório Vermelho, começa "Dark Zane Saga e Torneio Escolar". Professores anunciam torneio: veteranos orientam novatos via duelos. Convidados de fora participam. Objetivo superficial: vencer o torneio (sendo novato). Mas Zane Truesdale (rival, #1 da escola) desapareceu antes do torneio.
Enquanto a escola duela, você investiga. Descobre que Zane está em uma ilha agindo estranho. Pegue barco no cais do campus → ilha vulcão. Encontra Zane possesso por espírito sombrio. Duela em Shadow Game e vença para ir ao torneio. Zane não participa do torneio. Após perder, sai da ilha e diz que voltará. Não reaparece no jogo.
Volte da ilha, durma no dormitório. No dia seguinte, torneio no Duel Field. Duela contra Aster Phoenix e Jaden Yuki para vencer e terminar o jogo. Primeira vez duelando Jaden (herói do anime GX). Aster usa deck Destiny Heroes; Jaden, Elemental Heroes.
Após vencer, pode continuar jogando. Desbloqueia automaticamente: