À medida que progride em "Yu-Gi-Oh! GX: Spirit Caller", obtém Duel Spirits, que são os espíritos das cartas de duelo. Cada Duel Spirit tem uma habilidade especial que pode usar ao tê-lo consigo no caminho pela Duel Academy. Ao contrário das cartas no seu deck, as habilidades dos Duel Spirits são passivas — por exemplo, um dos Duel Spirits aumenta as suas hipóteses de obter uma carta após um duelo e outro aumenta a quantidade de Exp que recebe após cada duelo.
Volte ao seu quarto do dormitório a qualquer momento após obter um novo Duel Spirit. Obtém um bem cedo, mas encontra um total de 16 ao longo do jogo.
Vá ao armário no seu quarto e interaja com ele. Isto traz uma lista de opções — toque na opção "Spirits", que é a terceira listada.
Encontre o Duel Spirit que quer usar e toque nele. Toque no botão "Equip" para aplicar a sua habilidade.