O protagonista de Pokémon HeartGold busca provar ser o maior treinador das regiões Kanto e Johto. Ele e centenas de outros treinadores buscam Pokémon selvagens, desafiam líderes de ginásio e eventualmente enfrentam a "Elite dos Quatro". Após completar o ginásio de Blackthorn, a líder Clair desafia o protagonista a provar-se na Antro do Dragão para ganhar a insígnia.