O intensamente poderoso Pokémon do tipo Psíquico/Voador, Lugia, aparece tarde em "Pokémon Mystery Dungeon: Red Rescue Team" e "Blue Rescue Team". Para adicionar Lugia ao seu grupo de Rescue Team, terá que desbloquear a dungeon Silver Trench e aventurar-se nas profundezas do oceano para ter a chance de encontrá-lo. O ataque Aeroblast de Lugia e outras técnicas traiçoeiras certamente se tornarão trunfos para seu time.
Siga a história da sua versão de "Pokémon Mystery Dungeon" até poder desbloquear o nível Silver Trench. Você deve recrutar Latias e Latios, além de befriendar o trio lendário de pássaros: Articuno, Moltres e Zapdos. Além disso, deve completar os níveis Stormy Sea e Pitfall Valley para poder entrar no Silver Trench.
Vá à Legendary Island e fale com um dos pássaros lendários. Articuno, Zapdos e Moltres lhe darão o Whirl Symbol para abrir a dungeon Silver Trench. Você precisará trazer um Pokémon que saiba o movimento Dive para entrar na casa de Lugia. Fique no meio da água azul escura na Legendary Island e mergulhe (Dive) para visitar o Silver Trench.
Explore o Silver Trench e lute até o nível 99. Alguns Pokémon no Silver Trench incluem Slowking, Muk, Shellder e Cloyster. Pokémon mais perigosos espreitam nos andares altos, como Cradily e Lanturn. Leve Pokémon do tipo Elétrico e Planta para combater a multidão de Pokémon do tipo Água no caminho para a câmara de Lugia.
Suba até Lugia no 99º andar do Silver Trench e enfrente-o em batalha. Embora todos os stats de Lugia sejam altos, ele tem fraqueza inerente a ataques do tipo Elétrico, Fantasma, Pedra e Sombrio. Lugia entrará para seu Pokémon Team após ser derrotado.