A única maneira de chegar a Mossdeep City em "Pokémon Ruby" é surfar pela água na Rota 124. Infelizmente, quando você chega à Rota 124, seu caminho é bloqueado por vários Pokémon aquáticos chamados Wailmer, que são Pokémon especiais que você não pode batalhar. A única forma de limpar os Wailmer é confrontando as pessoas responsáveis por bloquear seu caminho: Team Magma. A missão para confrontar a Team Magma começa após você completar a parte do Monte Pyre do jogo.
Voe para Slateport City e fale com o Capitão Stern. Você o verá no porto sendo entrevistado por uma equipe de TV. Após a cena, fale com Maxie — o líder da Team Magma — no estaleiro. Depois disso, a porta da base da Team Magma não será mais guardada.
Voe para Lilycove City e caminhe até a praia. Siga o caminho da praia para norte até o final de uma estreita faixa de terra. Use a habilidade "Surf" para nadar para leste até alcançar uma caverna no meio da água. Esta é a base da Team Magma.
Prepare sua equipe de Pokémon antes de entrar na base. Você encontrará vários Grunts da Team Magma em cada sala; todos usam Pokémon de Fogo e Terra. Equipe sua equipe com Pokémon de Água e Voador para ter a melhor chance de derrotá-los.
Entre na base e pegue o teletransportador mais ao sul para receber um Max Elixir. Volte à primeira sala e pegue o outro teletransportador para continuar para a próxima sala. Caminhe para norte até as portas abertas para chegar à terceira sala e pegue o único teletransportador para a quarta sala.
Pegue o teletransportador no canto inferior esquerdo da quarta sala e depois o próximo na sala seguinte. Isso o coloca em um labirinto de teletransportadores. Pegue o primeiro, o do meio, o último e depois o último novamente para entrar numa sala com tesouro raro. Pegue a Pokébola no canto superior esquerdo desta sala para receber a única Master Ball do jogo. Saia pelo mesmo caminho.
Pegue o teletransportador no canto inferior direito para entrar na quinta sala. Vá para norte até a porta aberta para acessar a sala final.
Use o teletransportador no canto superior esquerdo da sala para alcançar a área que contém uma Nest Ball e teleporte de volta. Pegue o teletransportador no canto inferior esquerdo do mapa para mover para o outro lado da água. Aqui, você será confrontado pelo Admin Magma Tabitha.
Derrote os Pokémon do Admin Magma Tabitha para completar sua missão na base da Team Magma. Tabitha também usa Pokémon de Fogo e Terra.
Pegue o teletransportador final para voltar à entrada da base. Saia da base e use "Surf" para ir para leste. Os Wailmer não estão mais na água.