Existem muitas missões desbloqueáveis em "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Sky", embora algumas sejam mais fáceis de encontrar que outras. Estas missões secretas levam seu time Pokémon a locais perigosos e incríveis, como Lago Afar e Caverna Estrela. Missões ocultas levam você através de áreas únicas do universo Pokémon que são segredo para a maioria dos jogadores. Uma vez que você cumpra os requisitos, novas aventuras se abrem rapidamente em "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Sky".
Complete a 10ª missão no modo história. A missão Floresta Nebulosa deve ser completada antes que missões especiais possam ser desbloqueadas. Pokémon encontrados dentro da Floresta Nebulosa incluem Pinsir, Dunsparce e Pachirisu.
Recicle itens na Loja de Reciclagem dentro do Café da Spinda. Novas mystery dungeons ficam disponíveis após o jogador reciclar 3, 25, 60, 100 e 150 itens. Itens são reciclados falando com o Pokémon atrás do balcão e selecionando itens para reciclar em troca da oportunidade de comprar itens exóticos. Exemplos de dungeons obtidas por reciclagem incluem Minúsculo Prado e Centro da Ilha Zero.
Obtenha o rank "Secreto" para uma gama mais ampla de missões de dungeon ficarem disponíveis no Café da Spinda. O rank "Secreto" é concedido após a história principal ser completada e Scizor ter sido salvo da dungeon Crevice Cave. Volte ao Café da Spinda e fale com o Pokémon aleatório em pé à esquerda da entrada para iniciar as últimas missões especiais.
Insira um código Wonder Mail no menu principal de "Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Sky" para abrir novas dungeons. Selecione a opção "Wonder Mail" antes de iniciar seu arquivo salvo e insira o código de 34 dígitos para abrir a nova dungeon no seu jogo salvo. Um exemplo é a missão "Estou com Medo" do Swinub, desbloqueada via Wonder Mail após inserir o seguinte código: P49P# +HT1M4X C2%HR 3CCQY 9--75JC @&3=@.