Após Bowser recuperar sua Star Cure do cofre durante a trama de "Mario and Luigi: Bowser's Inside Story" para Nintendo DS, seus subordinados, Soldado Goomp, Sargento Guy e Cabo Paraplonk, o traem e o trancam dentro dele. Neste ponto do jogo, você assume o controle de Mario e Luigi e tem que trabalhar para libertar Bowser. Bowser é libertado automaticamente do cofre após você derrotar um certo chefe no Castelo da Princesa Peach.
Jogue o jogo após Bowser ficar preso no cofre até alcançar a grande torre no setor noroeste do Castelo de Peach. Esta é a área para a qual você deve viajar após a luta contra o chefe Shroobs.
Faça Mario beber água do cano vazante, depois vá para a direita e fique em frente à lareira. Bata na parte de trás da cabeça de Mario com o martelo para criar um redemoinho no topo da chaminé.
Pule até a chaminé pelas plataformas à esquerda, depois gire no redemoinho. Ande até o final para a direita mantendo-se na plataforma elevada até chegar a algumas escadas. Assista à cena, que inicia uma batalha contra Junker.
Lute contra Junker usando seus movimentos mais poderosos. Ele eventualmente invoca algumas latas de lixo para lutar com ele, mas você deve ignorá-las a menos que corram em sua direção. Quando você vir o sinal de martelo acima de suas cabeças, bata nelas com seu martelo para enviá-las de volta à formação.
Ataque as latas de lixo apenas se Junker colocar Mario ou Luigi dentro de uma delas. Mantenha seu HP alto com itens de cura e continue atacando Junker até que ele seja derrotado. No final da batalha, Junker recupera o cofre e o arremessa em sua direção. Quando ele cai no chão, ele se quebra e liberta Bowser.