Embora o jogador comece como Yoshi em "Super Mario 64 DS", Mario, Luigi e Wario podem ser desbloqueados ao atender certos requisitos. Cada personagem tem habilidades diferentes e acessa lugares que os outros não conseguem. Yoshi transforma inimigos em ovos, Mario usa seu chapéu alado para voar, Luigi tem o salto flutuante, e Wario vira metal com a ajuda de uma Flor Poderosa. Quando os quatro personagens se unem, Bowser não tem chance.
Colete oito Power Stars como Yoshi e entre na sala de jogos da Princesa Peach no hall principal do castelo. Entre na porta marcada com oito estrelas e pule na pintura do Mario para desafiar o rei dos Goombas, Goomboss. Use o ataque de língua do Yoshi para engolir Goombas pequenos e cuspi-los no Goomboss. Acerte Goomboss três vezes e ele largará a Chave do Mario para abrir a porta trancada dele.
Entre na mansão no nível Big Boo's Haunt como Mario no curso dois ou superior. Suba as escadas e entre no quarto à extrema direita. Pegue a Flor Poderosa e voe até o parapeito acima. Do outro lado da porta há uma pintura do Luigi. Pule na pintura do Luigi e atravesse o labirinto de arbustos para desafiar o Big Boo em uma batalha de chefe. Encare um espelho para tornar o Big Boo sólido para que Mario possa acertá-lo. Acerte o Big Boo três vezes e ele dará a Chave do Luigi a Mario.
Leve Luigi à sala dos espelhos onde fica a pintura de Snowman's Land. Pule no topo dos pilares da sala para pegar uma Flor Poderosa. Use a flor para atravessar o espelho e entrar na pintura do Wario do outro lado. Cuidado para não cair das plataformas geladas no caminho para enfrentar o Chief Chilly. Use os socos e chutes do Luigi para derrubar o Chief Chilly da plataforma. Cada vez que ele cai, a arena fica menor. Derrube o Chief Chilly três vezes e você receberá a Chave do Wario.