Os jogos "Pokémon Mystery Dungeon" têm o jogador controlando diretamente um grupo de Pokémon, em vez de um treinador humano. "Pokémon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team" tem o jogador investigando uma masmorra massiva com muitas áreas, cada uma rastejando com Pokémon selvagens. Esses Pokémon selvagens podem ser recrutados para o time do jogador, mas para conquistá-los para o seu lado, você terá que satisfazer vários critérios.
Compre uma Friend Area de Wigglytuff. Na sua sede, você pode falar com Wigglytuff e desbloquear Friend Areas em troca de dinheiro. Cada Friend Area corresponde a uma área específica no mapa. Uma vez comprada, Pokémon que você encontrar na área poderão se juntar ao seu grupo se os outros requisitos de recrutamento forem atendidos.
Encontre o Pokémon selvagem que deseja recrutar. O Pokémon deve estar adjacente ao seu líder para que o recrutamento seja possível.
Lute e derrote o Pokémon selvagem, com seu líder desferindo o golpe final. Se seu líder não finalizar o Pokémon selvagem, ele não se juntará ao seu time.
Se o Pokémon selvagem se juntará ao seu grupo é aleatório, e afetado por bônus de recrutamento. Se tiver sorte, o Pokémon selvagem pedirá para se juntar ao seu time. Se não, encontre o Pokémon selvagem novamente e repita este encontro.