O jogo "Naruto: Clash of Ninja Revolution 2" pode ser jogado no Wii de três maneiras diferentes. Os jogadores podem segurar o Wii Remote de lado, conectar o acessório Nunchuk ao Wii Remote ou usar um controle de GameCube ou Classic Controller. Diferentes layouts de botões tornam cada estilo de controle distinto, mas todos são usados para encadear socos, chutes e movimentos especiais.