Conforme progride em "Onimusha 3: Demon Siege", encontra caixas de tesouro especiais com puzzles para resolver e abri-las. Geralmente contêm cristais, talismãs e itens únicos que não acharia em baús normais. Se abrir todas as caixas de puzzle do jogo, desbloqueia área secreta no final. Você encontra um Oni Crystal vermelho na primeira caixa de puzzle na área de Notre Dame.