O Grande Labirinto é o desafio final e mais difícil de Super Smash Bros. Brawl, considerado por muitos o maior desafio de toda a série. Após vencer várias seções do Emissário Subespaço, o grande chefe Tabuu reorganiza-as em um labirinto gigante. Dentro dele, você encontra todos os chefes que já venceu, junto com versões sombrias dos personagens jogáveis. Você deve encontrar e derrotar todos esses personagens para chegar a Tabuu.
O mapa do Grande Labirinto está na sub-tela, acessado pressionando pause e indo à seção FAQs. O mapa compreende vários locais pelos quais você passou, incluindo Mundo Celestial, Glacial, Ruínas, Mar de Nuvens, Pântano e Halberd. No mapa, pontos verdes são portas e linhas brancas mostram para onde levam. Se houver um ponto sem linha, há um personagem sombrio atrás da porta. Os personagens sombrios estão nas mesmas áreas onde você lutou contra suas versões claras (como Pit no Mundo Celestial, Ice Climbers no Glacial e Bowser na Caverna). Ao alcançar a localização de um personagem sombrio, você verá uma porta coberta por fumaça preta; entre nela para encontrá-lo. No centro do labirinto, há uma sala com uma porta roxa gigante trancada e um estojo de troféus. Sempre que derrota um personagem sombrio, o troféu desse personagem desaparece do estojo.
Percorra todo o Grande Labirinto em círculo, encontre todas as portas pretas e derrote os personagens atrás delas. O labirinto é direto, exceto por um local na Selva onde você deve destruir blocos para alcançar algumas portas. Algumas áreas só são acessíveis após derrotar certos personagens: Zelda abre o caminho para o Mar de Nuvens, e vencer Galleom leva às Ruínas. Após derrotar todos os 37 oponentes (clones sombrios e chefes), volte à sala de troféus com a porta roxa no centro. O estojo estará vazio e a porta aberta. Entre para enfrentar o chefe final, Tabuu. Você pode escolher cinco personagens para se unir contra ele; como ele fica no ar a maior parte do tempo, procure personagens com ataques aéreos como Peach, Marth e Diddy Kong. Ele tem vários ataques diferentes, então fique no ar e o acerte lá o máximo possível.