Bases secretas foram introduzidas em "Sapphire" e "Ruby", e continuaram em "Emerald". São esconderijos inteligentes em locais remotos de Hoenn. Permitem exibir pelúcias coletadas e adicionar móveis para decoração. Embora não vitais à história, permitem expressar criatividade.
Vá à Rota 112. Ande norte e verá um jovem perto de grande árvore. Fale com ele para receber MT43, que ensina Poder Secreto (Secret Power) a um Pokémon.
Ensine Poder Secreto a um Pokémon. Vá à mochila, selecione bolsa de MTs e escolha MT43. Selecione o Pokémon. Tipo Psíquico ou Normal é sugerido.
Escolha local para Base Secreta. Pode criar em árvores grandes, tufos de grama alta ou reentrâncias em montanhas. Só uma base por vez, então escolha com cuidado. Vá ao local e pressione "A". Caixa de texto descreve o local e pergunta se quer criar base. Selecione "Sim".
Entre na base e vá ao computador. Use para decorar a base como quiser.