Pokemon lendários têm sido parte importante da série "Pokemon" desde o jogo original. Estas criaturas lendárias são muito mais poderosas que Pokemon regulares, e o jogo "Pokemon Emerald" apresenta 12 deles para você capturar. Você só pode capturar alguns Pokemon lendários se tiver um de três itens especiais. Estes itens são o Bilhete Místico, o Bilhete Eon e o Bilhete Aurora.
Bilhetes secretos desbloqueiam certos Pokemon lendários no "Pokemon Emerald", mas você não consegue esses bilhetes em nenhum lugar do jogo. Os bilhetes foram distribuídos em Eventos Nintendo pouco após o lançamento do "Pokemon Emerald". O Bilhete Eon foi o primeiro distribuído durante um Evento Nintendo em 2003. No ano seguinte, em 2004, fãs de "Pokemon" receberam o Bilhete Aurora em outro Evento Nintendo. A Nintendo distribuiu o último bilhete, o Bilhete Místico, em 2005. A única maneira de obter esses bilhetes agora é via dispositivo de cheat, como GameShark ou Pro Action Replay.
Em "Pokemon Emerald", dois Pokemon do tipo Dragão e Psíquico, chamados Latios e Latias, voam pela terra. Você pode capturar Latios ou Latias sem bilhete após derrotar a Elite Four. Se quiser capturar o outro dragão, porém, precisa do Bilhete Eon. Com o Bilhete Eon em mãos, vá a Lilycove City e embarque no navio no cais, o S.S. Tidal. O navio o leva à Ilha Sul, onde Latios ou Latias vive. Examine o ovo em um ninho no fundo da floresta, e o dragão lendário desce para batalhar com você.
O Bilhete Místico dá acesso a Navel Rock, onde vivem Ho-oh e Lugia. Ho-oh é um Pokemon pássaro voador com poderosos ataques de fogo, e Lugia é um Pokemon voador com habilidades psíquicas. Como com o Bilhete Eon, mostre o Bilhete Místico ao capitão do navio em Lilycove City para viajar a Navel Rock. Uma vez na ilha, vá à direita e desça nas cavernas para encontrar Lugia esperando. Para pegar Ho-oh, volte à superfície e vá à esquerda. Suba até o topo da ilha para capturar o pássaro de fogo.
O Bilhete Aurora permite capturar Deoxys, um bizarro Pokemon tipo Psíquico. Deoxys morfa em várias formas diferentes, como defesa, ataque e velocidade. Leve o Bilhete Aurora ao capitão de Lilycove City. Ele o leva à Ilha Nascimento. Ao chegar, examine o triângulo preto na ilha. O triângulo começa a mover, iniciando um puzzle. Resolva o puzzle para fazer Deoxys aparecer.