Ilhas secretas programadas no "Pokémon: Emerald Version" da Nintendo não são acessíveis através de jogo honesto. A Nintendo pretendia que os jogadores obtivessem tickets, legíveis por e-reader, para esses níveis através de eventos locais. Esses eventos agora são raros ou inexistentes anos após o lançamento. Os jogadores devem levar um ticket secreto ou item de mapa, acessível apenas via códigos de jogo, à balsa em Lilycove City para acessar as ilhas secretas.
Leve o item Eon Ticket à balsa de Lilycove City. A ilha tem duas telas; a segunda contém uma floresta pequena e um Pokémon secreto. Latias ou Latios aparece na floresta, dependendo de qual dos dois o jogador já encontrou. Código Action Replay para Eon Ticket: 0A6626D3 648DA17A.
Leve o Mystic Ticket à balsa de Lilycove City. A ilha tem uma caverna com vários andares, cada um com Pokémon de alto nível. No primeiro andar está o lendário Lugia e no último Ho-oh. Usar Item Finder no último andar revela Sacred Ash. Código Action Replay para Mystic Ticket: BE39B3A8 280987E1.
Leve o Aurora Ticket à balsa de Lilycove City. A área pequena tem um quebra-cabeça: chegar a um triângulo no chão em poucos passos. Se conseguir, Deoxys aparece para batalha. Código Action Replay para Aurora Ticket: 483511F5 E6C8E537.
Leve o Old Sea Chart à balsa de Lilycove City. A ilha tem várias áreas de floresta, cada uma com um pequeno labirinto, mas sem Pokémon selvagens. No fim dos labirintos, encontra o lendário Mew. Ele se esconde na grama alta e o jogador deve persegui-lo para batalhar. Código Action Replay para Old Sea Chart: 5B1CB4D7 10FA9D05.