Com a segunda geração de jogos Pokémon, os criadores introduziram a opção de "esconderijo secreto" ou "base secreta" que permitia aos personagens cumprir certos requisitos e então ter a capacidade de criar uma base oculta de operações. Esconderijos secretos são relativamente fáceis de obter e abrem algumas funções especiais do jogo.
O esconderijo ou base secreta em "Pokémon Sapphire" é um lugar que você cria para seu personagem usando a "Máquina Técnica Poder Secreto" (Secret Power TM), disponível naqueles jogos ambientados no mundo de "Hoenn" ou "Sinnoh". O propósito do esconderijo é fornecer um lar pessoal para o personagem, em oposição à casa da mãe do personagem. Eles podem ser decorados com itens do jogo e podem ser trocados com outros jogadores.
Para criar um esconderijo, você deve treinar um Pokémon para usar a "Máquina Técnica Poder Secreto". Isto é conhecido como "TM43", e você pode comprá-lo no mercado de Slateport ou encontrá-lo gratuitamente. Para encontrá-lo grátis, pegue a Rota 111 e vá a leste do caminho ígneo ao norte do deserto. Fale com o homem parado em frente a uma árvore e ele lhe dará a "Máquina Técnica Poder Secreto". Faça um dos seus Pokémon aprender este poder. Agora, continue o jogo normal enquanto procura lugares onde uma base pode ser construída. Tais lugares incluem paredes de rocha com reentrâncias, pinheiros que dirão que "vinhas poderiam ser soltas" quando examinados, ou arbustos/grama que dizem que podem ser movidos quando examinados. Seu Pokémon pode usar "Poder Secreto TM" para transformar cada um destes em uma base. Cada tipo de material (rocha, árvore, grama) e cada local produzirá uma base diferente. Salve seu jogo antes de criar uma base e veja se gosta da base que criou.
Você pode ter as bases dos seus amigos colocadas no seu mundo de jogo misturando seus registros de Pokémon. Para fazer isso, você deve conectar seu Game Boy ao de um amigo que tenha uma base secreta, e ambos devem ir ao segundo andar de qualquer Centro Pokémon e falar com a moça lá. Diga a ela que você quer misturar registros. A base do seu amigo agora estará no seu jogo e vice-versa, e vocês poderão batalhar lá.
O propósito principal dos esconderijos é fornecer um local para itens decorativos no jogo. A lista de itens disponíveis inclui 35 bonecas, 28 enfeites, 18 tapetes, 9 cadeiras, 10 almofadas, 9 mesas, 6 plantas, 10 pôsteres e pranchas de madeira, todos os quais são recebidos como presentes, encontrados ou comprados em vários locais.